В IX веке там, где Аа впадает в Эмс, к западу от нового поселения, известного впоследствии под именем Эмден, был насыпан холм, ставший позже христианским кладбищем. А, может быть, сначала там появилась деревянная часовня, а потом уже и кладбище. Самая старая часть каменного фундамента церкви датируется XII веком. После этого здание перестраивалось, по меньшей мере, ещё 11 раз. И сейчас ещё заметен готический стиль хоров, построенных в период между 1455 и 1509 годами, и где позже протестанты принимали Святое Причастие. Южный неф, предназначенный для погребения графов Восточной Фризии, был отделён от основного помещения кирпичной стеной, сооружённой в 1558 году в стиле фламандского ренессанса по проекту Корнелиуса Флорис де Френда из Антверпена. С 1559 года Большая Церковь была местом хранения собрания книг, которое с 1570 года опекала уже протестантская община.
Во время 2-й Мировой войны, 11 декабря 1943 года, при бомбардировке союзниками Здание Большой Церкви было полностью разрушено. Но книги были своевременно перевезены в безопасное место.
 

В период с 1992 по 1995 год на руинах старой Большой Церкви специально для её книжного собрания была построена новая библиотека. К 1943 году в библиотеке хранилось 18 тысяч томов. Сегодня их более 150 тысяч, среди которых, кроме 63 инкунабел, находится более 6000 тысяч книг 16-18 веков и 155 рукописей. Основной упор в библиотеке делается в 2-х направлениях: реформированный протестантизм и история религии нового времени. В большом выборе также книги по краеведению: об истории и культуре Восточной Фризии.
Часть первоначального собрания дигитализирована и доступна для ознакомления в интернете. В 1999 году совместно с Международным Альянсом Реформатских Церквей (сейчас Всемирное Причастие Реформатских Церквей – World Communion of Reformed Churches) библиотека создала страницу "Реформаты online", которая предлагает самую разнообразную информацию по вопросам религиоведения и истории реформированного протестантизма и служит местом общения для реформистских церквей всего мира. Своими конференциями, публичными лекциями и выставками Библиотека имени Яна Ласки всемерно поддерживает научные исследования и разработки и имеет собственную программу исследований. Её просторное помещение прекрасно подходит для проведения концертов и приёмов и часто является местом встречи известных религиозных, политических, социальных и культурных организаций на самом высоком уровне. Кроме этого, организуя различные выставки, библиотека служит форумом искусства и культуры, уделяя особое внимание раннему модерну, искусству печати и графики.
 

Неизменно вызывают интерес постоянно обновляющиеся тематические выставки особо ценных экспонатов из фондов библиотеки в северо-восточном крыле церкви. Для обозрения были представлены, например, книги из собраний Эразма Роттердамского и Рудольфа Агриколы; манускрипты монастыря цистерцианцев Адуард, бывшего, в своё время, одним из крупнейших аббатств в Европе; первые экземпляры нидерландской библии Deux-Aes, имеющей огромное значение для истории нидерландского языка, изданной в 1562 году в изгнании в Эмдене фламандским книгопечатником Жилем ван дер Ервен, известным под именем „Ctematius“.
 

В 1993 году ещё строящейся библиотеке было присвоено имя известного европейского учёного польского дворянина Яна Ласки (1499-1569) в память о его заслугах перед Pеформацией. С 1542 по 1549 год а Ласко был суперинтендантом протестантских общин Восточной Фризии. Он разработал структуру новой конгрегации,
основaл Церковныи Совет, а также Региональный совещательный орган для священнослужителей – Coetus. Уповая на церковную дисциплину, он призывал к благочестивому образу жизни, надеясь таким путём укрепить прихожан в вере и, следуя указаниям графини Анны, ввести единоверие на всей подвластной ей территории. Это повлекло за собой чёткое размежевание с представителями других религиозных групп Эмдена, такими, как довольно многочисленные общины римских католиков и анабаптистов Менно Сименса. А Ласко пытался также прийти к соглашению с протестантами-лютеранами, надеясь преодолеть разногласия по такому спорному вопросу, как реальное присутствие Христа в Вечери Господней.
Не чувствуя поддержки со стороны императора Карла V, а Ласко уезжает в Лондон, где он сразу же принялся за организацию Протестантской общины среди таких же, как он беженцев по религиозным мотивам, и основал в 1550 году в Лондоне Церковь Беженцев, оказав тем самым значительное влияние на формирование реформатской общины Нидерландов. В 1553 году, когда на трон взошла Мария Тюдор ("Кровавая Мэри"), а Ласко и его сторонникам пришлось покинуть Англию. После долгих мытарств и странствий по Северному и Балтийскому морям они, в конце концов, нашли приют в Эмдене. Напоминанием об этом событии служит вырезанная на камне над входом в церковь со стороны Церковной улицы (Kirchstraße) надпись: Если божий дом обижают, бог посылает ему утешение.
 

Эмигранты из Лондона влились в немецкую общину города, в то время как валлонские беженцы основали в Эмдене собственное франкоговорящее собрание. Все они привезли с собой личные контакты и контракты, а также немалые состояния, что укрепило экономическое положение Эмдена бывшеговсегда спасительной гаванью для всех, кого преследовали в Нидерландах. Особенно много их прибыло в период между 1568 и 1648 годами, когда голландцы боролись с Испанией, отстаивая свою независимость. Реформатское братство оказало беженцам всестороннюю духовную, религиозную и политическую поддержку. Постепенно Эмден стал центром Нидерландской Реформации. В результате Реформатской Церкви Нидерландов пришлось передать свой почётный титул " Церковь - Мать" Большой Церкви Эмдена. После 1595 года, когда ход войны повернулся в пользу восставших, Нидерландские Генеральные Штаты поддержали магистрат города Эмдена и помогли ему противостоять нажиму со стороны графов Восточной Фризии, склонявшихся к лютеранству, и, таким образом, сохранить в определённой степени свою независимость.

Первые протестанты в России появились ещё при жизни Лютера при царе Василии III в середине XVI века. Ими были, в основном, немецкие ремесленники. Кальвинизм на Север России принесли английские и голландские купцы и мореплаватели. И в дальнейшем московские цари предпочитали видеть в России протестантов, а не католиков и всячески покровительствовали им.