Nach 1520 hatte die reformatorische Bewegung in Frankreich Einzug gehalten. Waren zunächst Luthers Schriften in weiten Kreisen wirksam gewesen, so nahm 1536 der Einfluss Calvins zu, der für den französischen Protestantismus entscheidende theologische Impulse gab. Die Protestanten wurden auch »Hugenotten« genannt – wohl eine französische Verballhornung des Wortes »Eidgenossen«.
Eine Reformation im Sinne der Neuordnung der mit dem Staat verbundenen Kirche auf dem Boden evangelischer Lehre hat es in Frankreich jedoch nicht gegeben, vielmehr waren die Protestanten stets eine verfolgte Minderheit. Der religiöse Konflikt verband sich zunehmend mit innenpolitischen Unruhen, vor allem nach dem Tode von König Heinrich II. im Jahre 1559. Von 1562 bis 1598 herrschten in Frankreich mehrere blutige Bürgerkriege, in denen der Kampf um die Herrschaft mit dem konfessionellen Gegensatz verquickt war. Der Höhepunkt der Auseinandersetzungen war der Pogrom der Bartholomäusnacht vom 23. auf den 24. August 1572.
Nach dem Tode ihres Mannes Heinrichs II. hatte Katharina von Medici die Regentschaft in Frankreich übernommen. Ihr waren ihre Söhne auf dem Thron gefolgt, deren letzter, Heinrich III., im Jahre 1589 ermordet wurde, womit die Dynastie Valois erlosch und die französische Krone Heinrich IV., dem König des nur formal unabhängigen Pyrenäen-Königreiches Navarra, zufiel. Er war in den Kämpfen seit 1581 der Führer der Hugenotten gewesen, konnte jedoch als Protestant nicht dauerhaft König von Frankreich werden. Zur Überwindung der inneren Widerstände trat er daher 1593 zum Katholizismus über und wurde 1594 in Chartres als erster König aus dem Hause Bourbon gekrönt. »Paris ist eine Messe wert« lautet sein berühmter, aber nicht verbürgter Ausspruch.
Um den inneren Frieden zu stabilisieren und so seine Macht als König zu befestigen, erließ Heinrich IV. am 13. April 1598 das Edikt von Nantes, das den Hugenotten die Möglichkeit konfessioneller Koexistenz neben der katholischen Nationalkirche eröffnete. Der König setzte gegen starke Widerstände vor allem auch die praktische Verwirklichung des Ediktes durch.
Das Edikt konzedierte den Protestanten private Gewissensfreiheit im ganzen Land, außerdem Kultfreiheit dort, wo reformierte Gottesdienste schon vorher bestanden hatten, zudem in zwei Vorstädten eines jeden Bezirkes und in einigen Grundherrschaften des Adels, nicht jedoch in Paris, am Hof und in fast allen Bischofsstädten. Der Bau eigener Kirchen und Friedhöfe sowie die Errichtung von Schulen wurden gestattet, ferner erhielten die Protestanten Zugang zu allen Staatsämtern.
Sie durften für eine beschränkte Zeit auch in ca. 150 Sicherheitsorten Militärgarnisionen unterhalten. Andererseits war die römisch-katholische Religion überall im ganzen Königreich frei auszuüben und wurde in der Folge auch in einigen Städten und Landgemeinden wieder eingeführt. – Das Toleranzedikt von Nantes gewährte in Europa erstmalig in einem großen Land unter Durchbrechung des Prinzipes »cuius regio eius religio« rechtlich gesichert die Gewissensfreiheit und mit Einschränkungen Kultfreiheit.
Nach der Ermordung Heinrichs IV. am 14. Mai 1610 verschärfte sich der Konflikt wieder. Die konfessionelle Spaltung des Landes gefährdete die nationale Einheit und stand in zunehmendem Widerspruch zu dem sich befestigenden staatlichen Absolutismus. Das Gnadenedikt von Nîmes von 1629 bestätigte den Protestanten einstweilen noch die religiösen und bürgerlichen Rechte. Nach zunehmender Repression seit 1659 wurde jedoch das Edikt von Nantes am 18. Oktober 1685 mit dem Edikt von Fontainebleau durch Ludwig XIV. vollends aufgehoben und der Protestantismus in Frankreich verboten.
Alle protestantischen Kirchen wurden zerstört, Gottesdienste und religiöse Unterweisung untersagt. Die Pfarrer wurden ausgewiesen, den Laien die Auswanderung hingegen verwehrt. Dennoch emigrierten in der Folge etwa 200.000 von 900.000 Hugenotten. Im offiziell wieder rein katholischen Frankreich bestand der Protestantismus nur im Verborgenen fort (»Kirche der Wüste«).