W dziewiątym wieku, na terenie rozciągającym się między rzeką Ems i jej niewielkim dopływem Aa, na podłużnym kopcu fryzyjscy handlarze i kupcy założyli osadę. Na zachód od tej osady znajdował się drugi owalny kopiec, który służył chrześcijańskiej wspólnocie jako miejsce pochowku.
Przypuszcza się, że już wówczas znajdował się tam mały drewniany kościół. Jego istnienie daje się jednakże udowodnić dopiero od drugiej połowy X wieku. W XII wieku zastąpiono drewniany kościół murowanym. Do dziś istniejące późnogotyckie mury zbudowane zostały w latach 1455-1509.
Po reformacji w nawie głównej kościoła była celebrowana Wieczerza Pańska, a w nawie południowej, w której początkowo miała mieścić się kaplica, znajdowały się grobowce władców Fryzji Wschodniej.
Grobowiec został prawdopodobnie zaprojektowany przez Cornelis Floris de Vriend
z Antwerpii w stylu niderlandzkiego manieryzmu, a jego budowę zakończono w 1558 r.
Wielki Kościół został zniszczony w wyniku bombardowania wojsk alianckich na Emden
w dniu 11. grudnia 1943 roku.

Jak Feniks z popiołów…
Nowa biblioteka, budowana dla księgozbioru Wielkiego Kościoła w latach 1992–1995, została wcielona w ruiny kościelne.
W ten sposób książki powróciły na swoje dawne miejsce, gdzie były przechowywane po powodzi (zwaną powodzią Wszystkich Świętych) od 1570 roku.
Księgozbiór liczy obecnie około 150.000 tytułów, wśród których znajduje się 6000 starych druków z XVI-XVIII wieku oraz 155 rękopisów. Tematycznie obejmuje przede wszystkim dwie dziedziny: protestantyzm reformowany (tzw. kalwinizm) i historię religii wczesnego okresu nowożytnego. Poza tym w bibliotece znajduje się znaczny zbiór literatury poświęconej historii i kulturze Fryzji Wschodniej.
W ostatnich latach, przy wsparciu DFG (Niemieckiej Wspólnoty Badawczej) została zdygitalizowana i udostępniona w internecie, do dzisiaj zachowana biblioteka teologa Alberta Hardenberga- księgozbiór naukowy z XVI wieku. W 1999 roku we współpracy ze Światowym Aliansem Kościołów Reformowanych w Genewie została utworzona platforma komunikacyjna w Internecie, poświęcona teologii i historii protestantyzmu reformowanego. Biblioteka wspiera badania naukowe poprzez organizowanie sympozjów i konferencji naukowych, oraz dzięki programom badawczym.
Poza tym biblioteka jest forum sztuki i kultury, oraz jest udostępniana różnym ugrupowaniom społecznym.

Wystawy
W północno-wschodniej części Wielkiego Kościoła znajdują się trzy pomieszczenia wystawowe, w których można obejrzeć nowoczesną grafikę drukową Otto Rohse, cenne eksponaty ze zbiorów biblioteki, takie jak rękopisy z klasztoru w Aduard (Królestwo Niderlandów), książki z księgozbioru Erazma z Rotterdamu, czy też Biblię Deux-Aes z Emden, z 1562 roku, oraz naczynia liturgiczne (Vasa sacra) parafii katolickich, luterańskich, reformowanych i menonickich.

Johannes a Lasco/Jan Łaski
Kiedy w roku 1993 Biblioteka Wielkiego Kościoła przekształcona została w fundację, otrzymała miano „Biblioteka Jana Łaskiego Wielki Kościół Emden“. W ten sposób uhonorowano reformatora Fryzji Wschodniej, humanistę, uczonego europejskiego formatu, który urodził się w 1499 roku w Łasku (Polska).
Od 1542 do 1549 roku Jan Łaski na polecenie regentki Fryzji Wschodniej-Anny oldenburskiej - reformował na terenie przez nią panowanym system kościelny według nauki Zwingliego. Za jego sprawą powstały gremia, które miały doprowadzić do ujednolicenia głoszonej nauki kościelnej.
W tym celu Łaski utworzył w 1544 r. Radę Kościelną i tzw. Coetus (zgromadzenie kaznodziejów Kościoła Fryzji Wschodniej).
Jan Łaski prowadził dialog zarówno z innymi nurtami protestantyzmu jak i nadal silnym Kościołem katolickim.
Podczas gdy w Rzeszy obowiązywało augsburskie Interim (dekret cesarza Karola V Habsburga z 1548 roku), Jan Łaski opuścił kraj i na zaproszenie Tomasza Cranmera (arcybiskupa Canterbury) udał się do Londynu, by tam nadal działać w duchu reformatorskim. Wkrótce przystąpił do organizacji zborów dla protestanckich uchodźców.
W roku 1550 założył w Londynie Kościół Cudzoziemski.
Maria Tudor, która zapisała się w historii jako „Krwawa Mary“, po przejęciu korony w Anglii starała się przywrócić katolicyzm i wywierała nacisk na cudzoziemskich protestantów. W 1553 roku rozpoczęła się odyseja zmuszonych do ucieczki protestantów, którzy na pokładzie duńskich statków handlowych, po długiej podróży po Morzu Północnym i Bałtyckim przybyli do przyjaznego im portu w Emden, na wiosnę 1554 roku. W XVI w. wiele tysięcy prześladowanych religijnie znalazło schronienie w Emden. Przypomnieniem tych wydarzeń jest „Scheepken Christi“ („Stateczek Chrystusa“), kamienna płaskorzeźba, która zdobi tzw. portal diakonów (wejście do biblioteki od strony wschodniej), nosząca napis:

„Kościołowi Bożemu,
prześladowanemu i wypędzonemu,
Bóg udzielił tutaj pociechy.“

Kościół-Matka
Uchodźcy z Niderlandów władali w większości językiem środkowodolno-niemieckim i przyłączyli się do zboru w Emden. Wśród uchodźców byli też Walonowie, którzy w 1554 roku założyli swój własny francuskojęzyczny zbór. Nowi mieszkańcy Emden znaleźli we Fryzji Wschodniej drugą ojczyznę i jednocześnie wzbogacili w dosłownym tego słowa znaczeniu miasto. Dzięki nowym handlowym kontaktom Emden przeżyło wielki gospodarczy rozkwit. W 1571 r. odbył się w Emden pierwszy wielki Synod „Kościołów pod Krzyżem“, stąd też wywodzi się nazwa Kościoła Wielkiego: „Moederkerk“- Kościół Matczyny niderlandzkiej reformacji.

<